Seit 2016 ist Schäffer der musikalische Leiter des Figuralchor Frankfurt. Er dirigierte u.a. die Staatsphilharmonie Rheinland-Pfalz, die Kammerphilharmonie Sopot sowie die Kammerphilharmonie Frankfurt und konzertierte dabei unter anderem in der Alten Oper Frankfurt und im Pfalzbau Ludwigshafen. 2024 übernahm er interimsmäßig die musikalische Leitung des Cäcilienchor Frankfurt.
Seine Kompositionen wurden u.a. von der Staatskapelle Berlin, dem Bayerischen Staatsorchester, dem Orchestre Philharmonique du Luxembourg und den Jenaer Philharmoniker gespielt und durch Dirigenten wie Daniel Barenboim, Pierre Dummoussaud oder Joseph Bastian interpretiert.
Zuletzt trat Schäffer als Bearbeiter und Orchestrator hervor und schuf neben Reduktionen bekannter Werke wie Orffs „Carmina Burana“ oder Stravinskys „L’Oiseau de feu“ auch mehrere reduzierte Fassungen von Opern verschiedener Epochen. Zu seinen Auftraggebern zählen unter anderem die Bayerische Staatsoper München, das Staatstheater am Gärtnerplatz München sowie die Orff-Festspiele Andechs. Im Sommer 2024 erfolgte eine Neuproduktion seiner reduzierten Fassung von Carl Orffs „Die Kluge“ im Rahmen der Salzburger Festspiele unter der musikalischen Leitung von Anna Handler.
Schäffer war Stipendiat der Aribert-Reimann-Stiftung, des Heinrich-Mann und Paul-Hindemith-Stipendiums des Landesmusikrat Hessen und wurde zudem von Yehudi Menuhin Live Music Now Frankfurt am Main e.V. gefördert.
Ein Teil seiner Werke ist bei Schott Music Mainz und der Universal Edition erschienen.